Ubisoft chce zrehabilitować się od dawna Assassin’s Creed franczyzy, ze świeżymi fabułami, które potrafią z powodzeniem splatać narrację łączącą teraźniejszość z przeszłością. Producent wykonawczy Marc-Alexis Coté zauważył, że po zakończeniu oryginalnej trylogii „nowoczesna fabuła z trudem znalazła swoje oparcie”. Jest to ważny ruch dla prawdopodobnie najważniejszej serii Ubisoftu, ponieważ niektóre z jej ostatnich wydań osiągnęły słabsze wyniki, co doprowadziło do zamykane są studia.
Cienie Assassin’s Creed to szansa dla firmy na wzmocnienie nowoczesnych elementów historii, która została przemyślana w ostatnich wydaniach. „Współczesna fabuła będzie eksplorować głębsze tematy pamięci, tożsamości i autonomii, tego, jak przeszłość kształtuje to, kim jesteśmy i jak kontrolowanie tej przeszłości może wpłynąć na naszą przyszłość” – powiedział Coté. To podejście „położy podwaliny pod tę narrację ewolucja, która będzie rosła w nadchodzących latach.”
Skupienie się na ulepszeniu współczesnego rdzenia historii nie oznacza jednak, że historyczna strona przygody zostanie poświęcona mniej uwagi, ponieważ „współczesna narracja będzie służyć raczej wzmocnieniu, a nie przyćmieniu historycznej podróży”. Głównym celem zespołu jest znalezienie właściwej równowagi pomiędzy historycznymi i współczesnymi aspektami fabuły gry, co sprawiło, że seria stała się hitem wśród fanów.
Cienie Assassin’s Creed nadejdzie w krytycznym momencie dla Ubisoftu. To musi być home run, ponieważ firma desperacko potrzebuje zwycięstwa finansowego. Ponadto będzie to pierwsza gra, która zostanie włączona do programu uruchamiającego Assassin's Creed Unity i od tego momentu będzie używana do dystrybucji zawartości. Porażka w tym przypadku będzie drogo kosztować firmę.